ניכוי מס במקור הוא הליך שבו המשלם חייב להחרים חלק מהתשלום המגיע למוטב כמס הכנסה ולשלם אותו ישירות לרשות המסים. אף על פי שהאחריות לשלם את המס היא על המוטב, התהליך דורש מהמשלם לבצע את הניכוי והעברת הכספים למדינה.
מטרת ניכוי מס במקור היא למנוע מצבים של עקיפת חובת הדיווח על הכנסות ולשמור על הכנסות המדינה על ידי מינימיזציה של אי-דיווחים.