ניכוי מס במקור הוא התהליך שבו המשלם מחויב להחרים חלק מהתשלום שאמור להעביר למוטב כמס הכנסה, ולשלם את הסכום הנוכה ישירות לרשות המס. בפועל, אף שהאחריות לשלם את המס מוטלת על המוטב, האחריות לבצע את הניכוי ולהעבירו למדינה מוטלת על המשלם, אם באופן מלא או חלקי.
מטרת ניכוי מס במקור היא למנוע אי-דיווח על הכנסות ולהבטיח את קבלת המסים על ידי המדינה, תוך צמצום הפסדי הכנסות מס.
